新疆分院是研究院在新疆的派出机构，主要职能有：承办研究院交办的有关事务；协助研究院进行所在地区研究所领导班子建设；在授权范围内代表研究院与地方开展合作；为所在地区研究所提供服务。新疆分院高度重视与地方的合作，在加强战略研究，提高决策水平；共建研发平台，提升自治区区域创新能力；应用高新技术，推进构建现代产业体系；改善生态环境，推动农业现代化进程；加强人才培养，促进人员交流；加强科普工作，实施全民科技素质行动计划纲要等六个方面建立了多层次、宽领域、全方位的科技合作关系，进一步丰富了院区合作内涵，拓展了合作领域，为新疆产业发展和经济增长提供了有力的科技支撑。
        新疆分院院长：杨建梅                      
        新疆分院电话：0991-5271298      
        分院地址：乌鲁木齐市经济开发区万创中心6层